【IDT提供ASO序列专业设计服务】
IDT提供专业的ASO序列设计,设计时会综合考虑ASO长度,GC含量,热力学特性,特异性,化学修饰等特征。如果要设计ASO探针,可提供如下信息,IDT会有专业的生信人员进行设计。
【产品信息】
IDT在寡核苷酸合成方面的成熟专业服务经验使我们成为值得信赖的ASO供应商。过去,IDT以定制DNA寡核苷酸的形式为客户提供ASO相关产品。现在,我们可以直接通过目录化的设计实现对ASO产品的快速订购。
【产品特性】
可选择不同的修饰碱基、纯化方式及合成规模。
在细胞内实现对目标的有效基因沉默。
通过耐核酸酶的修饰和灵活的嵌合设计,提高细胞内稳定性并降低毒性。
定制的ASO还可选择非标准的长度或修饰方式,以满足您特有的实验需求。
目前IDT可订购的ASO产品目前有3种:
ASO Affinity Plus
只支持"gapmer"的16nt设计,5’与3’末端分别有3nt Affinity Plus锁核酸,中间10nt为DNA,且全序列进行硫代磷酸酯修饰连接
客户在订购时只需输入16 nt原始DNA序列,即可在购物车内自动转换为经修饰的gapmer格式
修饰序列示例:5’+G*+G*+C*T*A*C*T*A*C*G*C*C*G*+T*+C*+A 3’;+:Affinity Plus锁核酸修饰;*:硫代磷酸酯连接
ASO 2'MOE
只支持"gapmer"的20nt设计,5’与3’末端分别有5nt 2'MOE修饰碱基,中间10nt为DNA,且全序列进行硫代磷酸酯修饰连接
客户在订购时只需输入20 nt原始DNA序列,即可在购物车内自动转换为经修饰的2'MOE格式
修饰序列示例:5′ /52MOErA/*/i2MOErC/*/i2MOErG/*/i2MOErC/*/i2MOErG/*C*G*A*C*T*A*T*A*C*G*/i2MOErC/*/i2MOErG/*/i2MOErC/*/i2MOErC/*/32MOErT/3′/52MOEr_/, /i2MOEr_/, /32MOEr_/ = 2'MOE (2'-O-methoxyethyl base) 修饰;*:硫代磷酸酯连接
ASO Custom
支持更多长度和修改的灵活性
支持的ASO长度:14-25nt
支持的修饰类型:2'MOE碱基,Affinity Plus碱基,2’OM碱基,5-甲基dC碱基,硫代磷酸酯连接
订购时必须输入希望合成的确切序列和每个碱基的修饰信息。
【订购信息】
目前支持在线订购以下规格的产品,可以选择特殊的纯化方式和交付形式(管装或96孔板装),了解更多产品信息可至IDT官网 (https://sg.idtdna.com/pages/products/functional-genomics/antisense-oligos) 查询。
【产品FAQ】
01-以Gapmer形式修饰ASO的目的是什么?
Gapmer反义寡核苷酸 (ASO) 在反义寡核苷酸的末端都包括修饰的碱基(如2'MOE或Affinity Plus修饰的碱基),内部有一段未修饰的DNA碱基。末端修饰碱基有助于增强稳定性并提高与目标序列的结合亲和力。内部未经修饰的DNA碱基是使RNase H结合并切割RNA目标序列所必需的结构。
02-在敲低实验中应该使用多少ASO?
最佳ASO浓度取决于细胞类型或生物体以及导入方法。
对于使用阳离子脂质将反义寡核苷酸 (ASO) 导入永生化组织培养细胞系,IDT通常采用1-30 nM的ASO量效关系。针对您特定的目标序列和系统,可能需要进行优化。
03-如何评估对目标基因的敲低?
IDT建议使用逆转录定量PCR (transcription quantitative PCR, RT-qPCR) 来评估对RNA目标序列的敲低。可使用IDT PrimeTime™预设计qPCR引物和探针组或定制PrimeTime qPCR检测试剂来评估人、小鼠和大鼠转录组的基因表达。
我们建议至少设计两个在转录本上相距一定距离的qPCR检测,以帮助控制伪迹。例如,如果存在未被ASO靶向但仍被qPCR反应定量的基因异构体,则可能会得到假阴性结果。或者,如果ASO在cDNA合成过程中封闭了逆转录酶,从而阻止全长RNA转录本转化为cDNA,则可能会得到假阳性结果。从多个qPCR检测获得一致的数据有助于提高结果的可靠性。
04-ASO需要经过HPLC纯化吗?
反义寡核苷酸 (ASO) 由于长度较短,通常不需要HPLC纯化。标准脱盐纯化适用于大多数反义应用。
在活体动物中使用时,可能需要更高纯度的寡核苷酸。在这些情况下,建议结合使用HPLC纯化和钠盐交换,然后由用户对反义寡核苷酸进行乙醇沉淀,以降低合成过程中残留化学物质所产生的毒性。
05-反义实验问题中通常使用哪些类型的修饰?
会在反义寡核苷酸上添加硫代磷酸酯 (PS) 键,防止它们被核酸酶降解。反义寡核苷酸可以包含完整的PS骨架;然而,随着各PS键的加入,Tm值会降低。包含大量的PS修饰也可促进反义寡核苷酸与蛋白质非特异性结合。在不使用导入工具时,这一特性可增加寡核苷酸循环时间并改善细胞内化。然而,如果反义寡核苷酸与免疫受体非特异性结合,它也会引起促炎反应。
5-Methyl dC (5-Me-dC) 修饰的碱基通常用于防止反义寡核苷酸中的CpG触发TLR9先天免疫反应。通常添加. 2’-O-methoxy-ethyl (2'-MOE) 或Affinity Plus锁酸修饰,以提高核酸酶抗性和反义寡核苷酸的结合亲和力。
有关反义应用中使用的各种化学修饰的生物物理特性的更多信息,请参阅Lennox KA, Behlke MA. Chemical Modifications in RNA Interference and CRISPR/Cas Genome Editing Reagents. Methods Mol Biol. 2020;2115:23-55。
如有相关需求可咨询IDT销售人员,或致电IDT热线电话。
IDT热线电话:400-668-3770
邮箱:chinamarketing@idtdna.com
欲了解更多产品信息,请访问IDT官网 (https://sg.idtdna.com/) 。
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【关于IDT埃德特】
Integrated DNA Technologies, Inc. (IDT埃德特) 是丹纳赫集团(Danaher Corporation,纽约证交所代码:DHR)生命科学平台旗下的一家运营公司。IDT埃德特致力于面向生命科学界开发、生产并销售核酸产品,为学术与商业研究、农业、医疗诊断和药物开发等领域提供支持。IDT埃德特 开发了多项针对基因组应用的专利技术,涵盖二代测序、CRISPR 基因组编辑、合成生物学、数字 PCR 以及 RNA 干扰。通过GMP服务,IDT埃德特生产的产品被科学家用于研究多种形式的癌症以及各类遗传性和传染性疾病。作为定制核酸生产领域的优秀厂商,IDT埃德特为超过 130,000 名生命科学研究人员提供服务。
IDT埃德特创立于1987年,其生产总部位于美国爱荷华州科拉维尔,并在美国加利福尼亚州圣地亚哥、美国北卡罗来纳州三角研究园、比利时鲁汶以及新加坡等地设有生产工厂。更多信息,请关注“IDT埃德特”微信公众号或访问www.idtdna.com。如有咨询需求,欢迎致电IDT热线电话(400-668-3770)或联系chinamarketing@idtdna.com。返回搜狐,查看更多